La Cisl è una confederazione di sindacati che ha una duplice struttura organizzativa articolata su vari livelli territoriali.Da una parte ci sono le strutture di categoria (chiamate anche strutture "verticali"), che organizzano i lavoratori addetti a produzioni simili (ad esempio chimici, metalmeccanici, bancari, trasporti, enti locali); dall’altra una struttura organizzativa intercategoriale (confederazione o struttura "orizzontale") a cui sono affiliate tutte le categorie. I livelli territoriali in cui sono articolate le strutture organizzative sono quattro.

Il luogo di lavoro

Questo ambito è la base di tutta la struttura organizzativa.
Il sindacato è presente nei luoghi di lavoro con le Rappresentanze sindacali unitarie (Rsu) in gran parte (due terzi) elette direttamente dai lavoratori ed in parte (un terzo) da esponenti designati dalle organizzazioni sindacali che stipulano i contratti collettivi di lavoro, secondo regole democratiche concordate tra sindacati dei lavoratori e associazioni imprenditoriali.

Le Rsu sono titolari dei diritti sindacali relativi alla gestione dei permessi sindacali, delle assemblee dei lavoratori, delle affissioni, dei rapporti con la controparte aziendale.

Le Rsu sono inoltre titolari della contrattazione aziendale, con il concorso ed il sostegno dei sindacati di categoria, secondo le modalità definite dal contratto collettivo nazionale di lavoro.

È volontà della Cisl che vengano costituite, oltre le Rsu, le Sas (Sezioni aziendali sindacali) che devono rappresentare la Cisl in tutti i luoghi di lavoro e svolgere la funzione di primo momento aggregativo e di visibilità associativa dell’essere Cisl.

Il comprensorio

Il comprensorio raccoglie i lavoratori che svolgono la loro attività in un territorio ben delimitato geograficamente da alcune caratteristiche: amministrative, produttive, economiche, sociali. Il livello comprensoriale è la base della struttura orizzontale del sindacato. Ogni comprensorio, o Unione sindacale territoriale (Ust), raccoglie le organizzazioni di categoria presenti nel territorio di competenza. Il comprensorio può essere suddiviso in Unioni zonali ed in Unioni comunali, secondo criteri di decentramento basato su caratteristiche amministrative e sociali omogenee.

La regione

Il livello regionale raccoglie tutti i comprensori situati nella stessa regione geografica. Anche in questo ambito ogni struttura regionale, o Unione sindacale regionale (Usr), raccoglie i sindacati di categoria presenti nella regione.

Il livello nazionale

Questo livello raccoglie tutte le organizzazioni regionali. La Confederazione nazionale raccoglie al suo interno tutte le Federazioni nazionali di categoria.

Ad ogni livello sono presenti organismi decisionali, responsabili delle scelte dell’organizzazione in quel livello specifico, sempre restando nell’ambito delle decisioni prese dal Congresso. Esistono organismi distinti per le strutture orizzontali.

Gli organismi vengono eletti di norma ogni quattro anni dai congressi, che si tengono ai vari livelli organizzativi, seguendo due criteri:
a. dal luogo di lavoro al livello nazionale di ogni categoria;
b. dal verticale all’orizzontale, cioè dalle Federazioni di categoria alla Confederazione.

I congressi consentono, attraverso regole democratiche, la partecipazione di ogni lavoratore iscritto alla formazione delle scelte politiche dell’organizzazione e all’elezione dei componenti degli organismi che dovranno garantire l’attuazione di tali scelte. Le regole formali per l’elezione degli organismi e per il loro funzionamento sono fissate dallo Statuto confederale, che può essere definito la "carta costituzionale" della Cisl.
Lo Statuto può essere modificato solo dal Congresso, massimo organo di decisione ed espressione della Cisl.